壓力噴霧干燥機操作的好壞，對成品質量影響很大，必須嚴格執行工藝操作規程，遵守操作順序。首先將加熱器分氣缸閥門打開，使其慢慢進氣，進氣不能太急，特別是冬天，以防突然熱脹而損壞加熱器及其部件，并保持一定的壓力。
開動進風機，使其空氣進入加熱器，經加熱后進入干燥塔，使干燥塔內溫度升到50—70℃后開排風機，使溫度升到85—90℃，開高壓泵進行噴霧，并調節控制高壓泵壓力，使之穩定在13—15MPa之間，待塔內溫度，排風溫度，進風溫度穩定在所需溫度范圍以內方可正常運行。
為了保證噴霧前后物料質量一致，物料在保溫缸內必須保溫及不斷攪拌。因為物料溫度低會使粘度增加，造成噴霧困難及設備運行不穩定，也影響成品粉的溶解度，物料溫度不能太高會使物料在保溫缸內結塊，尤其是酸度過高更易于結塊。
操作壓力噴霧干燥機的時候，需要經常震動布袋以利于排風，并檢查有無跑粉現象。當溫度恒溫時，要特別注意勿使溫度出現過高過低現象，若發現則應調節進風溫度，高壓泵壓力及噴嘴流量。時刻注意霧化狀態是否良好，噴孔是否正常；定時開啟旋轉電錘震動器，以振落附在塔壁和錐體的粉粒。
若是壓力噴霧干燥機四周出現潮粉現象，可能是進料量過大；溫度和排風溫度過低；或者是在開車前未能給設備進行充分加熱。主要是由于操作者不注意所致，尤其是在開車前，應將壓力噴霧干燥機內充分加熱，使塔溫升到85℃左右時，再慢慢開啟高壓閥門進料，不能進料太快。
如果壓力噴霧干燥機塔蒸發量過低，主要是由于風的流速過低或進風溫度過低，設備漏氣而引起熱空氣流出或冷空氣吸入。需要檢查空氣過濾系統是否暢通，空氣過濾器是否使用時間過長而被污物堵塞。空氣加熱器管道是否暢通，有無堵塞現象。
