污水紫外線消毒器對處理水的水質要求也不盡相同，水質變化大。污水處置或再生后的用途不同。因此不同污水處置廠的出水水質之間存在顯著的差別。即使是同一污水處置廠或再生水廠，由于處置性能的動搖，處置水質也會發生較大的變化。消毒單元的操作應根據水質條件的不同或變化進行優化，以達到經濟、消毒效果。
如隱孢子蟲等。而紫外線消毒器消毒是殺滅這些病原微生物的選擇。病原微生物種類多、數量大。污水中含有種類繁多的病原微生物(包括寄生蟲、病原菌、病毒等)且常規的污水處置工藝不能有效的去除這些微生物。如鄉村污水中的大腸桿菌和病毒數量的大值可分別高達4510個/100mL和10000個/100mL蘭伯氏賈第蟲等的zui大濃度也多達10000個/100mL而二級生物處置后的污水中的大腸桿菌和病毒數量仍高達1510個/100mL和1000個/100mL其中還含有很難殺死的致病性原生動物。 這樣會大大影響消毒的效率。附著在SS外表，懸浮物濃度高、動搖大。消毒原水中經常含有較高濃度的懸浮物(SS而且變化幅度大。特別是被包裹在SS內部的病原微生物由于SS屏蔽作用"而難以有效去除。
