紫外線殺菌器廠家所以被處理的水一旦離開紫外線消毒器就不具有殘余的消毒能力，紫外線消毒器消毒技術由自身的工藝原理決定其與化學消毒法相比具有如下缺點：紫外線的滅菌作用只在其輻照期間有效。容易遭受二次污染，并且既使一個細菌未被滅活而進入后續系統，就無法阻止其粘附在下游管道外表并繁衍后代;只有吸收紫外線的微生物才會被滅活，因此對于懸浮固體很多水質較差的水例如污水，由于懸浮固體可以庇護微生物使其免遭傷害，消毒效果很難保證;細菌細胞在紫外線消毒器中并沒有被去除，而是被轉變為發熱原，被殺死的微生物和其它污染物一道成為生存下來的細菌的食物。
但是紫外線消毒器消毒技術同時具有很多化學法無法替代的優點：一些產業中例如水產養殖和食品工業等，不需要化學消毒劑的繼續性，否則會由于化學藥劑的影響造成水生物死亡﹑食品中發生嗅味等副作用，況且鑢化消毒會形成三鹵甲烷等有害的消毒副產物;一些生物技術例如發酵中，需要對水進行消毒后接種工藝需要的菌種，這樣繼續性的消毒效果顯然是不需要的;循環水系統中，經常使用鑢消毒會造成腐蝕問題，例如游泳池，還有在石油開采的地下水回灌中，如果采用化學藥劑消毒，細菌容易發生抗藥性而在土壤中繼續繁殖從而堵塞地層，形成二次污染;紫外線消毒器消毒速度快﹑效率高﹑占地面積小;設備操作簡單，便于運行管理和實現自動化等，近年來用于水處理的紫外線消毒器逐漸得到廣泛的應用。
