1、現在只有地表水和地下水可以作為水資源。廢水再生水能否用作水資源尚不確定，這就為監管帶來一系列的問題。
2、中水回用工程是一項資金投入巨大，且資金回籠慢的投資，許多企業單位都不愿投資。然而，與中水配套的管道網絡建設嚴重滯后，經城鎮廢水處理廠處理之后的中水也只能白白浪費，造成資金和人力的極大損失，這也阻礙了中水回用的快速推廣。
3、從技術管理的角度看，由于水質的不穩定，會影響中水回用設備的正常使用。目前，我國廢水處理廠在運行中存在一些問題，難以保證中水回用的正常進行。由于水質問題，在輸送過程中經常發生管道結垢。
