使用顯微鏡過程中，使用者普遍擔心的問題是使用不當會損壞顯微鏡。
那么使用顯微鏡時應注意哪些問題呢？
1、要養成兩眼同時睜開的習慣，以左眼觀察視野，右眼用以繪圖；
2、持鏡時必須是右手握臂、左手托座的姿勢，不可單手提取，以免零件脫落或碰撞到其它地方；
3、輕拿輕放，不可把顯微鏡放置在實驗臺的邊緣，以免碰翻落地；
4、保持顯微鏡的清潔，光學和照明部分只能用擦鏡紙擦拭，切忌口吹手抹或用布擦，機械部分用布擦拭；
5、不要隨意取下目鏡（Eyepiece），以防止塵土落入物鏡，也不要任意拆卸各種零件，以防損壞；
6、放置玻片標本時要對準通光孔，且不能反放玻片，防止壓壞玻片或碰壞物鏡；
7、水滴、酒精或其它藥品切勿頭和鏡臺（Stage），如果沾污應立即擦凈。
注：反光鏡（Mirror）通常應垂直放，但有時因集光器沒提至應有高度，鏡臺下降時會碰壞光圈，所以這里改為平放。
