在使用風冷高速主軸電機時，應當注意以下事項，避免造成不必要的損失，由于風冷高速電機是通過風扇來散熱的，所以在使用時一定要注意后端的防水和防塵。
風冷高速主軸電機在使用時，禁止使用壓縮氣體噴頭清潔主軸，因為這樣會使灰塵進入主軸的密封部位，從而損壞軸承，出于同樣的目的，在清理軸承周圍的時候，主軸應停止轉動，但機床應上電，以保證軸承處始終有氣封，主軸上卡刀柄的錐面部分必須定期使用軟布清潔，這樣才可以延長電主軸的壽命。
當長時間不使用風冷電主軸時，需要做好保護，避免發生損壞，需要在主軸上裝一刀柄，以保護卡刀的錐孔，主軸在沒有裝上刀柄的情況下是不允許轉動的，只有錐形的刀柄和具有良好動平衡特性的刀具才可以在高速轉動下使用，不要使用被打孔的刀柄，在安裝時因為風冷電主軸的軸承需要保持的清潔，所以主軸的連接操作應在干凈的環境中進行，否則軸承的壽命將顯著減少。
