作為離子色譜儀器的心臟，
離子色譜柱一直是影響離子色譜分析結果的一個重要因素。
目前，離子色譜柱主要由一定內徑的柱管加上不同類型的填料所組成，針對離子色譜流動相比較多的采用酸、堿、鹽的特點，目前，多數離子色譜柱管材料由PEEK材料所組成，隨著離子色譜對柱效要求的提高，離子色譜所用的填料顆粒也越來越小，同時也對柱管所能夠承受的壓力要求越來越高，新型的離子色譜柱要求能夠承受40MPa的壓力。
影響離子色譜柱使用壽命的因素有哪些？
1、色譜柱破損
石英毛細管柱的聚酰亞胺層，如有少許破損就很嫩再保護脆弱的石英毛細管。當柱箱連續加熱和冷卻、柱箱風扇的振動和柱架等都會對毛細管造成應力，最終在色譜柱有弱點處破裂。
2、熱損傷
超過色譜柱溫度上限，會造成色譜柱固定相和管表面加速損壞，色譜柱的過量流失會使活性組分拖尾，降低柱效。一般熱損壞是一個很慢的過程，但有氧存在時，會大大加速熱損壞。
3、氧損傷
氧是毛細管柱的大敵，在接近室溫下，不會對色譜柱有太大損害，柱溫升高時會嚴重損壞色譜柱。
4、化學損傷
有少數化合物會使固定相遭到破壞，不揮發性化合物進入色譜柱常常會降低色譜柱的性能，但是不會破壞固定相，有條件時這些沉積的殘留物可以用溶劑沖洗，能恢復色譜柱的性能。
5、污染
氣相色譜中，毛細管柱被污染是很普遍的問題，不幸的是，它和各種各樣常見的故障想死，常常被錯誤地判斷為其它的故障，雖然被污染了的氣相色譜柱并沒有損壞，但是已經失去了效能。
