可以認為，自動控制顯微鏡是傳統顯微鏡質的升級，它改變了人類操作傳統顯微鏡的方式。簡單地講，自動控制顯微鏡集成了光學顯微鏡技術、機電技術、自動控制技術、計算機技術、數碼成像技術等多個本來不相關的技術，將顯微鏡鏡檢從手工操作升級為電控自動化操作。
首先自動控制顯微鏡改變了傳統顯微鏡的手動操作方式。自動控制顯微鏡主要通過機電系統和計算機設備，把一些原來由手動操作的機械動作轉由機電控制完成，于是，多個特征點記憶自動回溯、物鏡與照明自動匹配、厚度不均勻切片焦距自動校正、不同物鏡光軸、齊焦、自動補償和高低倍物鏡轉換聚光鏡自動切換等傳統顯微鏡不能完成的任務由自動控制系統和計算機實現了。
二是改變了單一變量的傳統顯微鏡下檢測的模式，發展到自動顯微平臺控制的動態檢測、顯微鏡設備間的協調控制、檢測過程優化控制，大大提高運用顯微鏡的自動化水平和工作效率，提高了運用顯微鏡觀察的精確性和工作效率。
三是支持顯微鏡景深自動擴展技術。普通顯微鏡都有固定的景深，在縱向變化范圍較大的情況下，難以各個層面都清晰顯示，增大放大倍數時更加明顯。自動控制顯微鏡可以實現對標本各層面進行聚焦圖像處理，可以得到各點均清晰聚焦的整幅圖像。
四是自動控制顯微鏡將鏡下視野圖像從單幅肉眼觀察升級為計算機控制高速全景自動拼圖，自動控制顯微鏡可以通過計算機顯示器實時動態顯示當前采集的圖像，操作者不必頻繁地通過目鏡觀察樣品情況，同時自動圖文處理軟件將全景圖像傳遞替代單視野圖，用連續圖像替代分列圖像，并支持顯微圖像同步瀏覽、自動回位，支持多幅生物組織顯微圖像自動拼接。
最初的自動控制顯微鏡大多依托通用平臺進行技術開發。經過改進，新型自動控制顯微鏡采用了嵌入式多處理器多任務開發平臺，由多個嵌入式CPU實現對多個任務對象——控制對象的自動控制，即對自動顯微鏡的多個步進電機進行自動控制。嵌入式系統相對于通用平臺來說具有不可比擬的優勢：一是嵌入式系統的硬件和軟件是為產品量身定制、去除冗余的，在同樣的硅片面積上實現更高的性能，增強了產品的抗干擾性，提高了可靠性，并且降低了能耗。二是嵌入式系統中的軟件一般都固化在存儲器芯片或單片機本身中，而不是存貯于磁盤等載體中，這樣可以提高執行速度和系統可靠性。三是嵌入式結構使顯微鏡和自動控制系統高度集成，渾然一體；自動控制靈活自如，數據通訊快速可靠；脫離計算機系統獨立操縱顯微鏡的自動控制模式，使鏡下瀏覽觀察更為快捷方便。四是在操作方式上出現了光電軌跡球控制器，運用人體工程學設計，模擬顯微鏡手動操作方式，使顯微鏡的操控與普通控制臺相比更加流暢，可實現鏡頭向任意方向做的移動。
