關于組織結構的體積;在冰凍固定時，要求體視顯微鏡所分析的組織或細胞在極短的時間由37℃降至一80℃以下。因此組織塊不能像在制備超薄切片標本，特別是為戊二醛固定所要求的那種大小一般來說，徠卡顯微鏡的人們用分散的細胞(如血細胞)，或體視顯微鏡分離的細胞(如心肌細胞)或培養細胞。舉例如下，日人鈴木研究骨骼肌收縮與舒張時C8a 在質網中的釋放與攝取過程以及Cat十在肌質網中的流動途徑，他分離蛙胖腸肌單根肌纖維(即骼肌細胞)，給予電刺激后在不同時相將其冰凍固定。體視顯微鏡當然也可以將組織塊直接冰凍固定，但體積要相當小，保證組織塊中大部分細胞(主要是四周的細胞)能保存好而無冰晶形成。
一個非常重要的問題是在取材和分離細胞過程中必須十分仔細，體視顯微鏡絕不能損傷待觀察分析的細胞。
因為作X線徽區分析不但步驟繁多，奧林巴斯顯微鏡而且成本甚高，如果經過長時間及多步驟的處理后，所分析的細胞是受損傷的細胞或死細胞，體視顯微鏡得出錯誤的結論是非常遺憾的.如經過膠元酶處理分離出的心肌細胞有兩種形態，一種是長桿狀，排斥臺盼藍;一種是圓形，用臺盼藍染色時著藍色.后者是在細胞分離過程中受損傷的瀕死細胞。這體視顯微鏡兩種細胞中電解質的含量及分布十分不同。
圓形心肌細胞中Na 甚高而K 極低，線粒體中的Caz十濃度十分高(25Ummol/kgdryweight),經過與其它分析方法核對，證明圓形細胞高Na 低K 及線粒體內高Ca2 是由于在細胞分離過程中細胞膜受損傷的結果。
體視顯微鏡細胞及組織的冰凍固定方法往往是先采取碎冷固定(quench-freeze)，然后放入液氮中保存。碎冷固定對于保存的效果十分重要。體視顯微鏡活細胞或新鮮組織中富含水分，偏光顯微鏡當淬冷時往往是細胞或組織與碎冷劑(特別是用液氮碎冷時)直接接觸的部位先冷凍固定，因而形成一個“殼”，體視顯微鏡便妨礙了細胞的中心部位碎冷固定。因此體視顯微鏡在作X-線微區分析時，常常發現較大的細胞的中心部位有冰晶存在。
