1 安放
鏡體始終保持直立，桌面要清潔、平穩，放置在距離桌面3~4cm處。切記移動時不要開電源。
2 清潔
檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔，鏡身機械部分可用干凈軟布擦拭。透鏡要用擦鏡紙擦拭，如有膠或粘污，可用少量二甲苯清潔之。
3 對光
鏡筒升至距載物臺1～2厘米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動。
若使用的為帶有光源的顯微鏡，可省去次步驟，但需要調節光亮度的旋鈕。
4 安裝標本
將玻片放在載物臺上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定，轉動平臺移動器的旋鈕，使要觀察的材料對準通光孔。
5 調焦
調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，并從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本，然后左眼自目鏡觀察，左手旋轉粗調焦旋鈕抬升鏡筒，直到看清標本物像時停止，再用細調焦旋鈕回調清晰。
操作注意：不應在高倍鏡下直接調焦；鏡筒下降時，應從側面觀察鏡筒和標本間的間距；要了解物距的臨界值。
若使用雙筒顯微鏡，如觀察者雙眼視度有差異，可靠視度調節圈調節。另外雙筒可相對平移以適應操作者兩眼間距。
6 觀察
6.1 低倍鏡觀察
觀察任何標本時，都必須先使用低倍鏡，因為其視野大，易發現目標和確定要觀察的部位。
6.2 高倍鏡觀察
從低倍鏡轉至高倍時，只需略微調動細調焦旋鈕，即可使物像清晰。
使用高倍鏡時切勿使用粗調焦旋鈕，否則易壓碎蓋玻片并損傷鏡頭。 轉動物鏡轉換器時，不可用手指直接推轉物鏡，這樣容易使物鏡的光軸發生偏斜，轉換器螺紋受力不均勻而破壞，最后導致轉換器就會報廢。
6.3 油鏡的觀察
先用低倍鏡及高倍鏡將被檢物體移至視野后，再換油鏡觀察。油鏡觀察前，應將顯微鏡亮度調整至最亮，光圈打開。
使用油鏡時，先在蓋玻片上滴加一滴香柏油（鏡油），然后降低鏡筒并從側面仔細觀察，直到油鏡浸入香柏油并貼近玻片標本，然后用目鏡觀察，并用細調焦旋鈕抬升鏡筒，直到看清標本的焦段時停止并調節清晰。
香柏油滴加要適量。油鏡使用完畢后一定要用擦鏡紙沾取二甲苯擦去香柏油，并再用干的擦鏡紙擦去多余二甲苯。
7 結束操作
觀察完畢，移去樣品，扭轉轉換器，使鏡頭V字型偏于兩旁，反光鏡要豎立，降下鏡筒，擦抹干凈，并套上鏡套。
若使用的是帶有光源的顯微鏡，需要調節亮度旋鈕將光亮度調至最暗，再關閉電源按鈕，以防止下次開機時瞬間過強電流燒壞光源燈。
