在制藥純化水設備系統中，流速有三個不同的流速概念，分別是末端回水流速、管網設計流速、系統報警流速。三種不用的流速有著不同的設計需求，純化水系統設計時需要區別對待。
在系統末端流速設計時，應保障末端回水流速需要大于1m/s，以保證整個純化水設備系統處于湍流狀態，這樣可以防止生物膜的形成。流速設計為1.2—1.5m/s。
管網流速設計(指泵出口處設計流速)在1.5—3.0m/s為。如果純化水設備系統的管網流速設計過低，那么系統末端的回水流速就無法保證;如果系統設計流速過高，那么制藥用水系統管網會發生震顫，存在一定的安全隱患。
制藥用水系統的報警流速設計主要是通過回水流速的大小來判斷的。當回水流速低于設定的值時，就會報警提醒工作人員檢查用水點發生情況。所以流速的設計也是非常重要的，研究表明0.6m/s是抑制微生物滋生流速。
