在線氣相色譜儀的氣源是載氣和輔助氣體的來源。使用的載氣是氫氣、氮氣、氦氣、氬氣、空氣。載氣的選擇須先滿足要求，并且還要考慮分析方法對分析周期、的效率和靈敏度的影響。例如，從柱效率的觀點來看，要求載氣的擴散系數小，并且為了獲得良好的峰型，通常使用氮作為載氣。
載氣中氧的存在導致固定相氧化，損壞色譜柱，改變樣品的保留值。載氣中水的存在導致部分固定相或硅烷化擔體發生水解，甚至損壞氣相色譜儀柱子。氣體中有機化合物或其它雜質的存在產生基線噪音和拖尾現象。氣體中夾帶的粒狀雜質可能使氣路控制系統失靈。
載氣系統包括氣源、氣體凈化器、氣路控制系統。載氣是氣相色譜過程的流動相，原則上說只要沒有腐蝕性，且不干擾樣品分析的氣體都可以作載氣。常用的有H2、He、N2、Ar 等。在實際應用中載氣的選擇主要是根據在線氣相色譜儀的特性來決定，同時考慮色譜柱的分離效能和分析時間。載氣的純度、流速對色譜柱的分離效能、檢測器的靈敏度均有很大影響，氣路控制系統的作用就是將載氣及輔助氣進行穩壓、穩流及凈化，以滿足氣相色譜分析的要求。
如何選用不同氣體純度的氣源做載氣和輔助氣體？原則上講，選擇氣體純度時，主要取決于分析對象、色譜柱中填充物以及檢測器。建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體。這樣不但會提高(保持)儀器的高靈敏度，而且會延長色譜柱和整臺儀器(氣路控制部件，氣體過濾器)的壽命。
在線氣相色譜儀工作者的良好習慣：
（1）按照手冊中的說明進行操作；
（2）準備色譜柱測試樣品；
（3）及時更換毛細管色譜柱密封；
（4）使用所需純度的氣體；
（5）定期更換氣體凈化器填料；
（6）使用可靠的壓力調節閥；
（7）定期更換進樣口的蒸發墊；
（8）及時清潔注射器；
（9）定期檢查并清潔進樣口襯管；
（10）保留完整的使用記錄；
（11）逐個更換零件。
