熒光定量PCR儀具有快速、簡便、靈敏、所以被應用廣泛。在檢測中加入熒光試劑，通過信號檢測實時熒光的過程，在按照標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。該設備可以準確地定量初始模板濃度，重復性好。
但對于成熟的RNA，由于其由21-25個核苷酸組成，其長度過短，傳統的實時定量PCR檢測不出來。然而，利用專門設計的逆轉錄引物，結合實時定量PCR引物和探針，以及端部PCR定性檢測，這樣就可以正確的檢測微樣本RNA的表達水平。
PCR儀有哪些應用?
有了這項技術，檢測技術人員就可以定量或者定性的分析DNA和RNA樣品。這里所講的定量主要有相對定量和定量分析。相對定量可以比較兩種不同處理方式下的基因表達水平，后者檢測可以知道樣品的拷貝數和濃度。這個儀器還可以對樣品進行定性分析，可以使用熔融曲線分析鑒定擴增產物。目前，熒光定量PCR儀，已經在很多醫院測試，生物科學上、疾病研究和藥物開發等領域。主要應用如下:
DNA或RNA的定量分析。比如一些病毒檢測、轉基因動植物拷貝數檢測、RNAi基因失活率檢測等。
基因表達差異分析。舉個例子，大家比較了解的不同加工樣品(如藥物處理、物理處理、化學處理等)中一些特別的基因不同點，以及DNA或差異顯示結果的確認。
基因分型。比如SNP分析檢測等。
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