氣相色譜儀是一種分離技術，實際工作中要分析的樣品往往是復雜基體中的多組分混合物。對含有未知組分的樣品，先必須將其分離，然后才能對有關的組分進行進一步的分析，混合物中各組分的分離性質在一定條件下是不變的，因此一旦確定了分離條件，就可用來對樣品組分進行定量定性分析。
氣相色譜儀能直接分析的樣品必須是氣體或液體，固體樣品在分析前應當溶解在適當的溶劑中，而且還要保證樣品中不含氣相色譜不能分析的組分（如無機鹽）或可能會損壞色譜柱的組分。這樣，在分析未知樣品時，就必須了解其來源，從而估計樣品可能含有的組分，以及樣品的沸點范圍。如能確認樣品可直接分析，問題就簡單了，只要找一種合適的溶劑，如丙酮、己烷、氯仿、苯等就是氣象色譜常用的溶劑。
如果樣品中有不能直接用氣相色譜分析的組分，或者樣品濃度太低，就必須進行必要的預處理，包括采用一些預分離手段，如各種萃取技術、濃縮和稀釋方法、提純方法等。
確定好分析樣品的特征后，就需要選擇對于分析樣品的方法采用什么進樣裝置、什么載氣、分析色譜柱以及什么檢測器。比如，要用氣象色譜儀分析啤酒的揮發性成分，就需要一個頂空進樣器；要測定水中痕量含氯農藥的殘留量，就要用電子俘獲檢測器；就色譜柱而言，常用的固定相有非極性的OV—1（SE—30），弱極性的SE—54，中等極性的OV—17，強極性的PEG—20M等?？筛鶕O性相似相容原理來選用，即分離一般脂肪烴類（如柴油或汽油）時，多用OV—1（SE—30），分析醇類和酯類（如含酒精飲料）多用PEG—20M，分析農藥殘留量多用OV—17或OV—1701。
再往下就是確定分析條件，當樣品準備好，就可開始進行嘗試性分離。這時要確定初始分離條件，主要包括進樣量、進樣口溫度、檢測器溫度、色譜柱溫度和載氣流速等，常用毛細柱分離，還要考慮分流比，清掃流量等。根據分離效果，可以再次優化分析條件，如適合恒溫分析還是程序升溫，色譜柱長度是否合適，氣化室溫度能否滿足，分析圖譜是否出現拖尾，峰型異常等情況。
綜合以上，氣相色譜分析工作需要理論指導和實踐摸索，匯聚出逐漸成熟的分析條件，中間過程可能乏味，需要操作人員付出時間和精力，但分析工作也充滿樂趣，滿足探索。
