巴氏殺菌機的設計原理是在一定的范圍內溫度越低，細菌繁殖的速度越慢，而溫度較高時則會殺滅很多種類的細菌，不同細菌原體適用生存的溫度范圍以及耐冷熱能力不同，巴氏殺菌機利用細菌原體不耐熱這一特點，通過不同產品不同溫度不同時間來進行殺菌，并經過高溫和保溫時間將其殺滅。
巴氏殺菌機根據其加熱方式可分為，蒸汽殺菌機，電能殺菌機，燃氣殺菌機，燃煤殺菌機，巴氏殺菌機除去殺菌這一功能還可以對部分食品蔬菜進行蒸煮，漂燙。將殺菌槽內的熱水溫度控制在80-90攝氏度之間，即可達到殺菌效果，又能保證蛋白質等營養成分不在較大的溫差范圍內波動，保持食品原有的品質，達到對食品不添加防腐劑，也能延長保質期，從而保障人們的飲食健康，殺菌后即可進行冷卻，可用強風將包裝表面吹干后入庫，延長食品保質期。
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